Bojujte po boku elitní vojenské jednotky. Splňte misi - zneškodněte zkorumpovaného diktátora Commonwealthu!
Příběh se odehrává pět let po událostech z prvního dílu a veškeré dění se přesouvá na matičku Zemi. Hráč se zmocní role demoličního experta ze zvláštní jednotky s přezdívkou Alias. Ten byl společně se svou jednotkou vylepšen nanotechnologiemi, ale jejich nadřízený (onen diktátor) je ze strachu nechal popravit. Tím se hráč dostává na odvrácenou stranu barikády a spolu se svou jednotkou vstupuje do rebelské organizace Red Faction, jejichž cílem je eliminace diktátora a odhalení pravdy kolem rozmachu nanotechnologií...